Μετά την επανάσταση του 1821 και μέχρι το 1830, οι συνεχείς μεταβολές της γεωγραφικής έκτασης της χώρας μας είχαν σαν αποτέλεσμα το γεωγραφικό σχήμα της Ελλάδος να μην είναι ακριβώς γνωστό.
Το 1817 ο Κεφαλάς, ένας Έλληνας ναυτικός, εξέδωσε στη Μασσαλία (Γαλλία) σε Ελληνική γλώσσα Ναυτικούς χάρτες της Μεσογείου και του Αιγαίου Αρχιπελάγους.
Στα τέλη του 1800 το τότε υπουργείο Ναυτικών της Ελλάδας ίδρυσε το Γραφείο Υδρογραφίας, Ο Αντιπλοίαρχος Ματθ. Ματθαιόπουλος εξέδωσε το 1898 το πρώτο βιβλίο με τον τίτλο «Υδρογραφία Υποτύπωση και κατασκευή Ναυτικών Χαρτών» για χρήση των μαθητών της Σχολής Δοκίμων.
Το ίδιο Γραφείο Υδρογραφίας άρχισε σιγά – σιγά να ασχολείται με απλές εργασίες αποτυπώσεως πεδίου και έθεσε αργότερα τις βάσεις για την ανάπτυξη και επέκτασή του. Στην συνέχεια το 1919 ιδρύεται η Υδρογραφική Υπηρεσία Πολεμικού Ναυτικού, με σκοπό τη σπουδή των Ελληνικών και παρακείμενων θαλασσών.
Γεωδαισία και Αστρονομία
Αν και για τους τριγωνισμούς της χώρας αρμόδια Υπηρεσία ήταν η Γεωγραφική Υπηρεσία Στρατού (ΓΥΣ), ωστόσο η Υδρογραφική Υπηρεσία υποβοήθησε και συνεργάσθηκε με την ΓΥΣ για μικρότερης ακρίβειας γεωδαιτικές εργασίες. Από το 1907 επέκτεινε το πρωτεύον τριγωνομετρικό δίκτυο της Ελλάδας με δευτερεύοντες τριγωνισμούς. Το 1921 έκανε αστρονομικές παρατηρήσεις με θεοδόλιχο και προσέγγισε με ακρίβεια τον προσανατολισμό του τριγωνομετρικού δικτύου της Μ. Ασίας. Μετά από αίτηση των Ιταλικών υπηρεσιών το 1934 συνεργάσθηκε με την ΓΥΣ για την τριγωνομετρική σύνδεση των Δωδεκανήσων, με το πρωτεύον τριγωνομετρικό δίκτυο της Ελλάδος.
Από το 1920 εξέδιδε συνεχώς ετήσιες αστρονομικές εφημερίδες με πρόλογο και ειδικά τεύχη αυτών για χρήση του Πυροβολικού του Στρατού Ξηράς. Η Υ.Υ συνέβαλε στην ίδρυση του Αστεροσκοπείου Πεντέλης υποβοηθώντας την μελέτη εγκαταστάσεως και παρέχοντας μερικά όργανα για τον εξοπλισμό του.
Υδρογραφικές Αποτυπώσεις – Ναυτική Χαρτογραφία
Περί το 1906 έγιναν οι πρώτες υδρογραφικές εργασίες για συμπλήρωση του Επιτελικού χάρτη της Ελλάδος στις περιοχές Μαλιακού κόλπου, Παγασητικού κόλπου και ακτών Πηλίου.
Στη συνέχεια από το 1919 υδρογραφήθηκαν και αποτυπώθηκαν οι ακόλουθες περιοχές :
α. Ο Αμβρακικός κόλπος
β. Η περιοχή Μοσχονήσου Κυδωνίων (Μ. Ασία)
γ. Ο Κόλπος Θεσσαλονίκης
δ. Τα στενά Ευρίπου
ε. Οι περιοχές γύρω από τον Πειραιά και τον Σαρωνικό κόλπο.
Την περίοδο 1937-1939 εκδόθηκαν τρείς τόμοι των Ελληνικών Ναυτιλιακών οδηγιών (Πλοηγοί), στους οποίους περιγραφικά αναφέρονταν όλες οι χρήσιμες λεπτομέρειες για εκείνους που ταξίδευαν κατά μήκος των Ελληνικών ακτών.
Η Υ.Υ για την εξυπηρέτηση των μελετών και των τεχνικών έργων των διαφόρων λιμένων μετά από ειδικές εργασίες πεδίου, συνέταξε 150 περίπου βυθομετρικά διαγράμματα . Έγινε υποτύπωση σε περίπου 500 χλμ μήκος ακτογραμμής και δόθηκαν τα βασικά σχέδια πάνω στα οποία έγιναν μελλοντικά λιμενικά έργα και μεγάλα αναπτυξιακά έργα της Ελλάδας.
Ναυτική Μετεωρολογία
Η Υδρογραφική Υπηρεσία πρωτοστάτησε στην ίδρυση της Εθνικής Μετεωρολογικής Υπηρεσίας, που έγινε το 1931.
Από το 1928 μέχρι το 1940 η Υ.Υ είχε ιδρύσει 60 ανεμολογικούς σταθμούς στους επιτηρούμενους Φάρους των Ελληνικών θαλασσών.
Γήινος Μαγνητισμός
Η επιτακτική ανάγκη γνώσεως από τους ναυτιλλόμενους των στοιχείων γήινου μαγνητισμού και ταυτόχρονα οι επιπτώσεις του πάνω στους χάρτες, είχαν σαν αποτέλεσμα την ίδρυση του πρώτου σταθμού μέτρησης γήινου μαγνητισμού. Πρώτος ξανά ο Αντιπλοίαρχος Ματθ. Ματθαιόπουλος ενδιαφέρθηκε και εισηγήθηκε το 1898 την προμήθεια και εγκατάσταση ειδικών οργάνων στο Αστεροσκοπείο της Αθήνας που μπορούσαν να καλύψουν τις ανάγκες του Ναυτικού. Εισηγήθηκε και έγινε η προμήθεια του πρώτου Μαγνητικού Θεοδόλιχου SARTORIOUS, ο οποίος από το 1909 χρησιμοποιήθηκε στις υδρογραφικές εργασίες.
Από το 1920 η Υ.Υ ανέλαβε συστηματικά την εκτέλεση παρατηρήσεων σε διάφορα σημεία της χώρας, ώστε να είναι δυνατός ο υπολογισμός της ετήσιας μεταβολής του Μαγνητισμού και το 1923 εισηγήθηκε και συνέβαλε στην ίδρυση του πρώτου μόνιμου Μαγνητικού σταθμού στο Τατόι . Τρία χρόνια μετά κατασκεύασε τον πρώτο μαγνητικό χάρτη της χώρας με μόνο τις ισογώνιες καμπύλες.
Φυσική Ωκεανογραφία
Το 1920 ιδρύθηκε στο Υπουργείο Εθνικής Οικονομίας ειδικός οργανισμός για την Ωκεανογραφία και είχε πρώτο Διευθυντή τον Ματθ. Ματθαιόπουλο.Η Υ.Υ βοήθησε το νέο οργανισμό οικονομικά και με παροχή οργάνων.
Σήμερα
Σήμερα η Υ.Υ. του Π.Ν. βρίσκεται στον περίβολο του Υπουργείου Εθνικής Αμύνης στο Χολαργό στην Αθήνα. Η πρωταρχική αποστολή της είναι :
α. Συνεισφορά στην ασφάλεια της ναυσιπλοΐας στα Ελληνικά και παρακείμενα ύδατα.
β. Εξυπηρέτηση των επιχειρησιακών απαιτήσεων του Ελληνικού Πολεμικού Ναυτικού και του Υπουργείου Εθνικής Άμυνας γενικότερα.
γ. Προαγωγή των επιστημών της Υδρογραφίας και Χαρτογραφίας.
Τα προϊόντα της Υ.Υ. (Ναυτικοί χάρτες, πλοηγοί ελληνικών ακτών, ναυτιλιακές εκδόσεις) και οι υπηρεσίες της (υδρογραφήσεις, ωκεανογραφικές έρευνες εκπομπή προαγγελιών και μηνυμάτων NAVTEX για την ασφάλεια των ναυτιλλομένων) αποτελούν πλέον ζωτικής σημασίας κοινωνικά αγαθά, που σκοπό έχουν την συνεισφορά στην ασφάλεια της ανθρώπινης ζωής στην θάλασσα και την προστασία του θαλασσίου περιβάλλοντος.