Κατά τους Πρώιμους Βυζαντινούς χρόνους (4ος-7ος αι. μ.Χ.), όταν η αυτοκρατορία κυριαρχούσε στη Μεσόγειο, τα νησιά του Αιγαίου αποτελούσαν μέρος της αλυσίδας που συναρθρωνόταν από την Κρήτη, την Κύπρο, τη Σικελία, τη Μάλτα και τη Σαρδηνία, και εξασφάλιζε την ενότητα στις θαλάσσιες επικοινωνίες του.
Το θέμα του Αιγαίου, ως διοικητική περιφέρεια του βυζαντινού κράτους η οποία, λόγω της έκτασης των παραλίων και της γεωγραφικής της θέσης, δικαιολογούσε την ύπαρξη αυτοτελούς αμυντικού στόλου, περιλάμβανε τις Κυκλάδες και τα μεγάλα νησιά του Αιγαίου πελάγους, καθώς και τον Ελλήσποντο και την ασιατική ακτή της Προποντίδας μέχρι την Προκόννησο.
Όλοι οι ναυτικοί δρόμοι της αυτοκρατορίας οδηγούσαν στην Κωνσταντινούπολη και εξυπηρετούσαν την αγορά της. Καθώς η Πόλη εξελισσόταν στο βασικό κέντρο εμπορίου, δεν άλλαζαν μόνο οι ρότες, αλλά και οι τύποι των πλοίων. Τα καράβια, τα οποία μετέφεραν τα σιτηρά που χρειαζόταν η πρωτεύουσα, κινούνταν από την Αλεξάνδρεια προς αυτή διαμέσου των νησιών του Αιγαίου και των Στενών του Βοσπόρου. Χρειαζόταν λοιπόν να είναι μικρότερα και περισσότερο ευέλικτα. Οι νέες ανάγκες δημιούργησαν το ελαφρύ, ευέλικτο και ταχύ φορτηγό, το «δόρκωνα», χωρητικότητας 130-140 τόνων με τριγωνικά πανιά (λατίνια), ενώ ο «δρόμων», που εμφανίστηκε τον 6ο αιώνα και χρησιμοποιούνταν ως εμπορικό μακρινών αποστάσεων, ήταν κυρίως πολεμικό πλοίο.
Κατά τη Βυζαντινή περίοδο λειτουργούσαν αποδοτικά τα επαρχιακά εργαστήρια ναυπηγικής της Σάμου, της Ρόδου, της Κρήτης, της Λήμνου και της Εύβοιας, βασιζόμενα στο φυσικό πλούτο ξυλείας που διέθεταν τα νησιά αυτά. Στο πλαίσιο της οργάνωσης της ναυτιλίας, από τις αρχές του 8ου αιώνα εφαρμόστηκε ο «Νόμος Ροδίων Ναυτικών», συλλογή των ναυτικών εθίμων που ίσχυαν στα παράλια της Ανατολικής Μεσογείου με χαρακτηριστικό στοιχείο την εισαγωγή της «αβαρίας», θεσμού που ίσχυσε σχεδόν αμετάβλητος και στους Νεότερους χρόνους.
Από τον 11ο αιώνα, η πειρατεία άρχισε να αποτελεί απειλή για τα θαλάσσια ταξίδια στο Αιγαίο αλλά η παρακμή του βυζαντινού εμπορικού στόλου δεν έγινε σαφής παρά από το 12 αιώνα και εξής, για να επιτρέψει την αύξηση του ρόλου άλλων δυνάμεων στο εμπόριο και τη ναυτιλία της περιοχής.
